Les cas de COVID-19 augmentent en France cet automne : ce que montrent les données

Depuis le début septembre 2026, Santé publique France (SPF), l'agence de santé publique du pays, a signalé une augmentation renouvelée de la circulation de COVID-19 sur l'ensemble du territoire national. Le signal est visible dans plusieurs réseaux de surveillance qui suivent les infections soupçonnées avant la confirmation en laboratoire, mais l'agence affirme que le niveau global reste inférieur à celui du même point des quatre automnes précédents.

Ce que montrent les réseaux de surveillance

Selon les données que SPF a divulguées vers le 23 septembre 2026 et rapportées par franceinfo, les consultations pour COVID-19 suspecte à SOS Médecins —un réseau de médecins de garde— ont augmenté de 76% durant la semaine du 14-20 septembre par rapport à la semaine précédente, soit une augmentation d'environ 390 consultations supplémentaires. Le réseau de services d'urgence Oscour a enregistré une augmentation de 16% des visites pour COVID-19 suspecte chez les enfants et de 67% chez les adultes au cours de la même semaine. Les hospitalisations liées au virus augmentaient également dans tous les groupes d'âge, selon SPF.

SPF n'a pas décrit cette augmentation comme une vague sévère. L'agence a caractérisé les variantes actuellement en circulation comme produisant généralement des symptômes légers et restant sensibles à la protection conférée par la vaccination, selon franceinfo et le site d'information médicale monsuivimedical.fr, qui ont tous deux cité la même mise à jour de SPF.

Une nouvelle variante est-elle à l'origine de cette augmentation ?

Ni franceinfo ni monsuivimedical.fr n'ont rapporté que SPF ait nommé une variante nouvelle spécifique responsable de l'augmentation de septembre 2026. Pour un contexte plus large, le média médical français Caducee.net, résumant les données de surveillance de l'OMS et européennes d'environ mars 2026, a énuméré quatre lignées sous surveillance à cette époque : XFG, NB.1.8.1, KP.3.1.1 et BA.3.2.

Parmi celles-ci, XFG —officiellement appelée Stratus par l'OMS et surnommée la variante « Frankenstein » par les médias car elle recombine du matériel génétique de deux sous-lignées antérieures d'Omicron, LF.7 et LP.8.1.2— était déjà devenue la variante séquencée dominante en France et dans plusieurs autres pays européens au cours de 2025, selon Euronews et le média français Pharma365.fr. L'OMS et le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) classent tous deux XFG comme une « variante sous surveillance », une catégorie utilisée lorsqu'une lignée fait l'objet d'une surveillance en raison d'une possible échappatoire immunitaire partielle sans preuve qu'elle cause une maladie plus grave ou réduit la protection vaccinale contre les formes graves, a rapporté Euronews.

Les symptômes rapportés associés à XFG incluent la fièvre, la toux, la fatigue, le mal de gorge et le mal de tête —largement cohérents avec les variantes antérieures— ainsi que l'enrouement, que les cliniciens au Royaume-Uni ont rapporté plus fréquemment avec cette souche qu'avec les précédentes, selon Pharma365.fr. Euronews a noté qu'il n'y a pas de preuve solide qu'une sensation de « gorge en lame de rasoir » attribuée à cette variante dans les discussions sur les réseaux sociaux se produise plus souvent avec XFG qu'avec d'autres virus en circulation.

Calendrier de la campagne de vaccination

La campagne de vaccination COVID-19 de la France pour la saison 2026–2027 doit commencer à la mi-octobre, en parallèle de la campagne annuelle de vaccination contre la grippe, selon franceinfo et monsuivimedical.fr. Les groupes prioritaires identifiés par monsuivimedical.fr incluent les personnes âgées de 65 ans et plus, les patients atteints de maladies chroniques telles que le diabète, l'insuffisance respiratoire ou les maladies cardiovasculaires, les personnes immunodéprimées et les femmes enceintes. Les vaccins devraient être disponibles en pharmacies, auprès des médecins généralistes, des sages-femmes et des infirmiers autorisés, selon la même source.

Comparaison de cet automne avec les années précédentes

Le message central de SPF, relayé par franceinfo, est celui d'une inquiétude modérée mais surveillée. La formulation de l'agence elle-même, telle que citée par franceinfo, était que cette augmentation reste inférieure à celle des automnes précédents plutôt que de la dépasser.

Plus tôt en 2026, avant cette augmentation automnale, l'activité globale du SARS-CoV-2 en France et dans la région plus large de l'UE/EEE avait été évaluée comme faible. Caducee.net a rapporté que les données mondiales de dépistage de l'OMS pour la semaine du 23 février au 1er mars 2026 ont montré 2 050 résultats positifs sur 60 428 échantillons testés dans 83 pays, un taux de positivité de 3,4%, et que l'ECDC a décrit l'activité dans l'UE/EEE comme restant faible vers la mi-mars 2026.